Hace una semana lei un artículo donde se comentaba un fallo grave de seguridad de Filezilla, que es capaz de guardar nuestras contraseñas en texto plano. 
Despues de comprobar error tan grave, explicaré como solucionarlo o mejor dicho, evitar tal comportamiento.
Lo único que tenemos que hacer es habilitar la siguiente opción:

Menú Edición -> Opciones... -> Interfaz -> Sección "Comportamiento" -> Marcar la casilla "No guardar contraseñas"



Una vez hecho esto, Filezilla entrará en Modo "Kiosko" (curioso el nombre), en este modalidad Filezilla siempre nos preguntará la contraseña cada vez que queramos conectar via FTP con nuestro servidor, es un poco mas de trabajo, pero mucho mas seguro que tener las contraseñas almacenadas en un archivo de texto plano.
Como última recomendación puedo sugerir Keepass Password Safe para mantener a buen recaudo todas nuestras contraseñas, incluyendo aquellas de carácter personal.